A ENBI tem implementado um modelo de governo societário ajustado à sua dimensão, natureza e complexidade das actividades comerciais e sociais, permitindo o adequado enquadramento regulamentar das matérias relativas à estrutura de capital, à estratégia, ao modelo de organização societária, à transparência das estruturas orgânicas e de capital, às políticas e processos de gestão do risco e o sistema de controlo interno e governação corporativa, política de avaliação de desempenho e progressão de carreira, em cumprimento com a legislação em vigor.
A ENBI adopta o modelo de governo societário que integra uma Assembleia Geral (AG), um Conselho Fiscal (CF), um Conselho de Administração (CA), formado por uma Comissão Executiva (CE), e uma Comissão Especializada em Risco, Auditoria e Controlo Interno. A estrutura orgânica assenta-se em três Gabinetes e nove Direcções conforme organograma abaixo: